深圳小产权房的二证一书是指：两证是建设用地许可证和建设规划许可证，一书是兴建住宅用地批准通知书。这些证件虽然不是正式的房屋产权证，但可以证明这些房屋曾经获得了相应的审批和规划许可，具有一定的合法性。此外，这些证件还可以证明这些房屋符合相应的规划要求，可以在一定程度上减少非法用地的风险。但是，这些证件并不等同于正式的房屋产权证。
本质上两证一书是修建房屋时的审批手续，要建房就得先审批。没有审批偷偷建的，称为违法建筑。
违法建筑多到拆不动、拆不完，管理部门就要进行普查统计、统一罚款、统一发证，要求村民主动申报，历史遗留其实就是证明村民已申报的回执单！
按照申报的规定，申报时需要把两证一书递交管理部门，所以申报完过后就只有历史遗留了。
但因为普查统计的违法建筑数量众多，工作人员工作量太大，所以部分居民因为多方面原因未递交两证一书，后来也不了了之。
这就出现了有的小产权房既有两证一书，也有历史遗留。当然没有进行申报的村民，也就只有两证一书，没有历史遗留。
因为没有正式的房产证，除了本村村民知根知底外，能把房屋和村民联系起来的也就只有水电户、及盖有相关部门公章的两证一书和历史遗留了。
加之在房屋遇到城市更新等拆迁情况时开发商确权的认可，两证一书和历史遗留虽然无法与房产证相媲美，但在实际情况中，有相当的公信力。